Communautés adhérentes multi-espèces
Contacts : Nelly Henry
Dans la nature les biofilms sont le plus souvent des assemblages complexes de plusieurs espèces qui peuvent interagir entre elles. On commence seulement à comprendre l’importance de ces interactions dans le développement et la persistance de ces systèmes. Nous travaillons actuellement sur un modèle de communauté bactérienne à 4 espèces d’origine naturelle. Nous menons une approche combinatoire visant à identifier les interactions inter-espèces, à comprendre leur rôle dans le développement du biofilm et à examiner les mécanismes de réponse aux perturbations de la communauté.
Les membres de la communauté :

Nous développons actuellement un ensemble de descripteurs phénotypiques qui seront collectés pour toutes les combinaisons de biofilms de 1 à 4 de ces espèces.

Des systèmes micro-fabriqués doivent permettre de mesurer les descripteurs (distribution spatiale des espèces, dynamique interne, croissance, etc.) dans les 15 canaux en parallèle.
Ce projet prévoit également l’analyse transcriptomique et génomique des phases clés du développement du biofilm en collaboration avec nos collègues de l’INRA, Institut MICALIS.
Timothée Gautry, Maxime Deforet, Pierre Illien
article · 2026 · Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment
Martin Maliet, Nicolas Fix-Boulier, Ludovic Berthier, Maxime Deforet
article · 2025 · arXiv
Giacomo Insero, Nidia Maldonado-Carmona, Thomas Panier, Giovanni Romano, Nelly Henry
article · 2025 · BioRxiv · 10.1101/2025.02.26.636652
Gizem Guzelsoy, Setiembre D Elorza, Manon Ros, Logan T Schachtner, Makiko Hayashi, Spencer Hobson-Gutierrez, Parker Rundstrom, Julia S. Brunner, Ray Pillai, William E. Walkowicz, Lydia W. S. Finley, Maxime Deforet, Thales Papagiannakopoulos, Carlos Carmona-Fontaine
article · 2025 · Nature
Jean Ollion, Martin Maliet, Caroline Giuglaris, Elise Vacher, Maxime Deforet
article · 2024 · PRX Life, 2 · 10.1103/PRXLife.2.023004
Yasmine Dergham, Dominique Le Coq, Pierre Nicolas, Elena Bidnenko, Sandra Dérozier, Maxime Deforet, Eugénie Huillet, Pilar Sanchez-Vizuete, Julien Deschamps, Kassem Hamze, Romain Briandet
article · 2023 · Nature communications · 10.1038/s41467-023-43386-w
Vui Yin Mafer Seow, Olga Tsygelnytska, Nicolas Biais
article · 2023 · Frontiers in Microbiology, 14 · 10.3389/fmicb.2023.1178128
Maxime Ardré, Maxime Deforet
article · 2023 · mSphere · 10.1128/msphere.00123-23
article · 2023 · Environmental Microbiology · 10.1111/1462-2920.16373
Wafa Benyoussef, Maxime Deforet, Amaury Monmeyran, Nelly Henry
article · 2022 · Front Cell Infect Microbiol, 12, 896898 · 10.3389/fcimb.2022.896898
Hilary Monaco, Kevin S Liu, Tiago Sereno, Maxime Deforet, Bradford P Taylor, Yanyan Chen, Caleb C Reagor, Joao B Xavier
article · 2022 · Nature communications, 13, 1-11 · 10.1038/s41467-022-28321-9
Luis Carlos Santos, Emilia Laura Munteanu, Nicolas Biais
chapter · 2021 · 10.1007/978-1-0716-1661-1_11
Nathaniel R. Campbell, Anjali Rao, Miranda V. Hunter, Magdalena K. Sznurkowska, Luzia Briker, Maomao Zhang, Maayan Baron, Silja Heilmann, Maxime Deforet, Colin Kenny, Lorenza Ferretti, Ting-Hsiang Huang, Sarah Perlee, Manik Garg, Jérémie Nsengimana, Massimo Saini, Emily Montal, Mohita Tagore, Julia Newton-Bishop, Mark R. Middleton, Pippa Corrie, David J. Adams, Roy Rabbie, Nicola Aceto, Mitchell P. Levesque, Robert A. Cornell, Itai Yanai, Joao B. Xavier, Richard M. White
article · 2021 · Developmental Cell, 56, 2808-2825 · 10.1016/j.devcel.2021.08.018
Jennifer L Chlebek, Triana N Dalia, Nicolas Biais, Ankur B Dalia
article · 2021 · Applied and Environmental Microbiology, 87 · 10.1128/AEM.00478-21
Lonni Besancon, Nathan Peiffer-Smadja, Corentin Segalas, Haiting Jiang, Paola Masuzzo, Cooper Smout, Eric Billy, Maxime Deforet, Clemence Leyrat
article · 2021 · BMC MEDICAL RESEARCH METHODOLOGY, 21 · 10.1186/s12874-021-01304-y
Amaury Monmeyran, Wafa Benyoussef, Philippe Thomen, Narimane Dahmane, Aurélie Baliarda, Matthieu Jules, S Aymerich, Nelly Henry
article · 2021 · NPJ Biofilms Microbiomes, 7, 64 · 10.1038/s41522-021-00233-4
Philippe Thomen, Jules Valentin, Anne-Florence Bitbol, Nelly Henry
article · 2020 · Soft Matter, 16, 494-504 · 10.1039/c9sm01375j
Maxime Deforet, Carlos Carmona-Fontaine, Kirill S Korolev, Joao B Xavier
article · 2019 · The American Naturalist, 194, 291--305
Sylvie Estrela, Eric Libby, Jeremy Van Cleve, Florence Débarre, Maxime Deforet, William R. Harcombe, Jorge Peña, Sam P. Brown, Michael E. Hochberg
article · 2018 · Trends in Ecology and Evolution, 34, 6-18 · 10.1016/j.tree.2018.10.004
Amaury Monmeyran, Philippe Thomen, Hugo Jonquiere, Franck Sureau, Chenge Li, Marie-Aude Plamont, Carine Douarche, Jean-François Casella, Arnaud Gautier, Nelly Henry
article · 2018 · Scientific Reports, 8, 10336 · 10.1038/s41598-018-28643-z
Daria Bonazzi, Valentina Lo Schiavo, Silke Machata, Ilyas Djafer-Cherif, Pierre Nivoit, Valeria Manriquez, Hirokazu Tanimoto, Julien Husson, Nelly Henry, Hugues Chate, Raphael Voituriez, Guillaume Dumenil
article · 2018 · Cell, 174 · 10.1016/j.cell.2018.04.010
Ye-Jin Eun, Po-Yi Ho, Minjeong Kim, Salvatore LaRussa, Lydia Robert, Lars Renner, Amy Schmid, Ethan Garner, Ariel Amir
article · 2018 · Nature Microbiology, 3, 148-154 · 10.1038/s41564-017-0082-6
Marina Elez, Lydia Robert, Ivan Matic
article · 2018 · Methods Mol Biol, 1736 · 10.1007/978-1-4939-7638-6_3
Philippe Thomen, Jérôme Robert, Amaury Monmeyran, Anne-Florence Bitbol, Carine Douarche, Nelly Henry
article · 2017 · PLOS ONE, 12, 1-24 · 10.1371/journal.pone.0175197
Ilya Soifer, Lydia Robert, Ariel Amir
article · 2016 · Current Biology, 26, 356-61 · 10.1016/j.cub.2015.11.067
A Fievet, A Ducret, T Mignot, O Valette, L Robert, R Pardoux, AR Dolla, C Aubert
article · 2015 · Frontiers in Microbiology, 6, 1378 · 10.3389/fmicb.2015.01378
Lydia Robert
article · 2015 · Frontiers in Microbiology, 6, 515 · 10.3389/fmicb.2015.00515
Marie Doumic, Marc Hoffmann, Nathalie Krell, Lydia Robert
article · 2015 · Bernoulli, 21, 1760-1799 · 10.3150/14-BEJ623
L Robert, M Hoffmann, N Krell, S Aymerich, M Doumic
article · 2014 · BMC Biology · 10.1186/1741-7007-12-17